Энциклопедия юного натуралиста состоит из двух разделов: общие понятия и личные имена.

В первый раздел включены термины из области географии, астрономии, биологии, химии и физики с их английскими и русскими эквивалентами, во второй раздел включены краткие биографии крупнейших ученых в указанных областях.

В энциклопедию по возможности добавлены материалы и символические понятия, связанные с Арменией и армянами: гора Арарат, Мецаморский историко-культурный заповедник-музей, абрикосы, чинары и др., важные с точки зрения познания детьми своей родной земли.